天香山命は神武東征にも功績のあった神として、武人からも崇敬を受けた。日本有数の大太刀（長大な日本刀）である志田大太刀（しだのおおたち、重要文化財）や、源義家や源義経、上杉謙信などに所縁と伝えられる武具などの文物が社宝として宝物館に展示されている。しかし、天香山命は尾張国造家の祖神であり越後に祀られているのは不合理で、本来の祭神は、 北陸の国造家高橋氏の祖神大彦命ではないかとの説もある。
社家は明治時代まで代々高橋氏が世襲した。高橋氏は宮司家をはじめとして数家あり、他には平塩氏、岡氏、五十嵐氏などがあった。
江戸時代には、越後高田藩藩主松平忠輝が、五百石の社領を寄進し、朱印地となった。朝廷からの崇敬も篤かったという。
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また、当時の神主であった高橋左近光頼が、神道家・橘三喜の教えに感化され、神社の神宮寺を廃し、仏像を取り払い、神葬祭を行うなど、神仏分離を行った。しかし元禄4年、神宮寺の僧に訴えられ、光頼は敗訴している。
国学者の平田篤胤は、聖徳太子が記した神代文字が彌彦神社に存在する、と主張した。しかし神代文字の書は火事により焼失したという。